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Maria Filomena Ribeiro Alcobia da Silva Trabucho Caeiro

Maria Filomena Ribeiro Alcobia da Silva Trabucho Caeiro

Assistant Professor

  • Researcher ID: C-1200-2014
  • ORCID: 0000-0003-0559-6344
  • Ciencia ID: 0415-02D2-70C5
  • Department: Plant Biology - FCUL
  • Research Group: Adaptation Biology & Ecological Processes (ABEP)
  • ISI Web of KnowledgeSM search factor: ResearcherID: C-1200-2014

Research interests

Eukaryotic viruses: gene expression and replication; studies on antiviral agents.
Viruses from the Portuguese fauna and from water sources: isolation, characterization and molecular identification.
Marine fungi and microalgae: molecular identification and evaluation of activities with potential environmental impact.
Arbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF): molecular identification and metagenomics of environmental samples.

Academic degrees

1973 - Degree in Biology
1988 - Ph.D. in Biology - Genetics

Scientific activities

2009 – present: Researcher CESAM
2008 – 2009: Researcher Centro de Biologia Ambiental
1994 – 2007: Researcher Centro de Genética e Biologia Molecular
2000 – 2002: Visiting Scientist Laboratory of Viral Diseases - National Institutes of Health, Bethesda, Maryland. U.S.A.
1988 – 1992: Visiting Researcher Instituto Gulbenkian de Ciência.

Others

Reviewer activity validated by Publons
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Scopus Author ID: 8560687400

Publications

WoS Papers (30) Other Papers (2) Books (0) Book Chapter (2) Thesis (35) Communications (30) Other Publications (5) Reports (0)

Projects

In Progress (0) Concluded (0)

Scientific Supervision

In progress (1) Concluded (17)
PhD (Main Supervisor): Daniel Salvador (CESAM member)
Master (Main Supervisor): Alexandra Carvalho (not a CESAM member)
Master (Main Supervisor): Barra M. (not a CESAM member)
Master (Main Supervisor): Santos N. (not a CESAM member)
Master (Main Supervisor): Fugas M. (not a CESAM member)
Master (Main Supervisor): Resende F. (not a CESAM member)
Master (Main Supervisor): Dinis A.M. (not a CESAM member)
Master (Main Supervisor): Ana Rita Mendes (not a CESAM member)
Master (Main Supervisor): Jorge André Mocho Figueiredo (not a CESAM member)
Master (Main Supervisor): Ana Catarina Pataca Costa (not a CESAM member)
Master (Co-supervisor): Basto I. (not a CESAM member)
Master (Co-supervisor): Cruz I. (not a CESAM member)
Master (Co-supervisor): Dias D. (not a CESAM member)
Master (Co-supervisor): Martins M.S. (not a CESAM member)
Master (Co-supervisor): Resende A. (not a CESAM member)
PhD (Co-supervisor): Amaro F.I.F. (not a CESAM member)
PhD (Co-supervisor): Vera Manageiro (ex-CESAM member)
PhD (Co-supervisor): Egídia Azevedo (CESAM member)

Research Projects

Underway, with funding


As team member:


Uso de biofilmes radiculares para aumentar a produtividade e a eficiência do uso dos fertilizantes – BioClub


PTDC/AGR-PRO/1852/2014


PI: Cristina Cruz (CE3C)


Budget: €199.143,00


 


Underway, without funding:



  • Detection, identification and isolation of viruses from the Portuguese fauna and water sources.

  • Development and application of molecular tools for identification and classification of marine organisms (fungi and algae).

  • Studies on antiviral agents: evaluation of antiviral activities and identification of the mechanisms of action.

  • Evaluation of activities from fungal and algal isolates with potential environmental impacts.

Publications (since 2004)

ISI Papers


- Azevedo E., Barata M. & Caeiro M.F. (2018). Morphological and phylogenetic analyses of Nia vibrissa, a marine Basidiomycota collected in Portuguese waters. Regional Studies in Marine Science, 23: 53–59. (https://doi.org/10.1016/j.rsma.2017.12.006).


- Azevedo E., Barata M., Marques M.I., Caeiro M.F. (2017). Lulworthia atlantica: a new species supported by molecular phylogeny and morphological analysis. Mycologia, 109 (2): 287–295. (http://dx.doi.org/10.1080/00275514.2017.1302255).


- Mendes A.R., Lopo S., Ascensão L., Falé P.L., Serralheiro M.L. & Caeiro M.F. (2016). Evaluation of the antiviral activity of an aqueous extract from Solidago virgaurea against Herpes simplex virus type 2. Journal of Clinical Virology, 82S, Page S133. (http://dx.doi.org/10.1016/j.jcv.2016.08.267).

- Silva T., Caeiro M.F., Costa P.R., Amorim A. (2015). Gymnodinium catenatum Graham isolated from the Portuguese coast: Toxin content and genetic characterization. Harmful Algae, 48: 94–104. (http://dx.doi.org/10.1016/j.hal.2015.07.008).

- Stöhr A.C., López-Bueno A., Blahak S., Caeiro M.F., Rosa G.M., Alves de Matos A.P., Martel A., Alejo A., Marschang R.E. (2015). Phylogeny and Differentiation of Reptilian and Amphibian Ranaviruses Detected in Europe. PLoS ONE, 10 (2): e0118633. DOI:10.1371/journal.pone.0118633. (http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0118633).

- Barra M., Barbosa N., Resende F., Alves de Matos A.P., Falé P.L., Ascensão L., Serralheiro M.L.M., Caeiro M.F. (2015) Antiviral and virucidal effects of plant aqueous extracts against Herpes simplex and Encephalomyocarditis murine viruses. Microscopy and Microanalysis, 21 (S6): 42–43. (http://dx.doi.org/10.1017/S1431927614013889).

- Matos A.P., Caeiro M.F, Marschang R.E., Paperna I. (2014). Discovery of new nucleo cytoplasmic large deoxiriboviruses by transmission electron microscopy. Microscopy and Microanalysis, 20 (S3): 1166–1167. (http://dx.doi.org/10.1017/S1431927614007569).

- Alves de Matos A.P., Caeiro M.F., Vale F., Crespo E., Paperna I. (2013) Iridovirus-like viruses in erythrocytes of lacertids from Portugal. Microscopy and Microanalysis, 19 (5): 1183-1189. DOI:10.1017/S1431927613001773

- Amorim A., Africano F., Brotas V., Dâmaso-Rodrigues M.L., Veloso V., Alves de Matos A.P., Caeiro M.F., Costa R., Cachão M. (2013) The wonderful microscopic world of marine phytoplankton: the cocccolithophores. Microscopy and Microanalysis, 19 (4): 5-6. DOI:10.1017/S1431927613000640

- Azevedo E., Caeiro M.F., Barata M. (2013) Portuguese marine fungi and the contribution of differential interference contrast (DIC) microscopy for their morphological identification. Microscopy and Microanalysis, 19 (4):17-18. DOI: 10.1017/S1431927613000706

- Costa R., Fugas M., Caeiro M.F., Vale F., Amorim A., Morgado F., Alves de Matos A.P. (2013) Reservoirs of human pathogens: amoeba-associated microorganisms in the environment. Microscopy and Microanalysis, 19 (4): 55-56. DOI:10.1017/S1431927613000895

- Alves de Matos A.P., Caeiro M.F., Vale F., Rebelo M.T., Proença M.C, Morgado F., Marschang, R. (2012) New Iridoviruses in Portuguese Wild Fauna. Microscopy and Microanalysis, 18 (S5): 29-30. Doi:10.1017/S1431927612012809

- Azevedo E., Rebelo R., Caeiro M.F., Barata M. (2012). Use of drift substrates to characterize marine fungal communities from the west coast of Portugal. Mycologia 104 (3) 623-632. Published online: January 12, 2012. Doi:10.3852/11-191

- Caeiro M.F., Costa R., Amorim A., Vale F., Ferreira S., Morgado F., Alves de Matos A.P. (2012) Detection of amoeba and amoeba-associated microorganisms (AAMs) from natural and hospital environments. Microscopy and Microanalysis. 18 (S5): 31-32. Doi:10.1017/S1431927612012810

- Azevedo A., Caeiro M.F., Rebelo R., Barata M. (2011) Biodiversity and characterization of marine mycota from Portuguese waters. Animal Biodiversity and Conservation 34.1: 205-215. ISSN: 1578–665X. (https://core.ac.uk/download/pdf/39041946.pdf).



 - Alves de Matos A.P., Caeiro M.F., Papp T., Matos B.A., Correia A.C., Marshang R.E. (2011). New viruses from Lacerta monticola (Serra da Estrela, Portugal): further evidence for a new group of nucleo-cytoplasmic large deoxyriboviruses (NCLDVs). Microscopy and Microanalysis. 17: 101-108. Published on line: CJO 08 Dec 2010. DOI: 10.1017/S143192761009433X

- Azevedo E., Rebelo R., Caeiro M.F., Barata M. (2010). Diversity and Richness of marine fungi on two Portuguese marinas. Nova Hedwigia. 90 (3-4): 521- 531. DOI: 10.1127/0029-5035/2010/0090-0521

- Matos A.P.A., Caeiro M.F., Costa G., Granja T., Papp T., Marschang R. (2008). Iridovirus-like viruses of Lacerta monticola from Serra da Estrela, Portugal. 14th European Microscopy Congress 1-5 September 2008, Aachen, Germany. Vol 3 (Life Science): 103-104. A.Aretz; B. Hermanns-Sachweh, J. Mayer (Eds). Springer-Verlag Berlin Heidelberg Publisher. DOI: 10.1007/978-3-540-85228-5_52.

- António P.A. Matos, Ana R.N. Santos, Maria F. Caeiro, Maria A.F. Faustino, M.G.P.M. S. Neves, A.C. Tomé, J.A.S. Cavaleiro (2008). Ultrastructure of the Effects of Pyrrolidine-fused Chlorines on the Replication of HSV-1. Microscopy and Microanalysis, 14:137-138. Doi: 10.1017/S1431927608089666

- A.P. Alves de Matos, M.F. Caeiro, R.E. Marschang, T. Papp, C. Soares, M.R. Marçal, M.A. Carretero. (2008) Adaptation of Ranaviruses from Peneda-Gerês National Park (Portugal) to Cell Cultures and their Characterization. Microscopy and Microanalysis, 14:139-140. Doi: 10.1017/S1431927608089678

- João P.C. Tomé, Eduarda M.P. Silva, Ana M.V.M. Pereira, Cristina M.A. Alonso, Maria A.F. Faustino, Maria G.P. M.S. Neves, Augusto C. Tomé, José A.S. Cavaleiro, Sabina A.P. Tavares, Ricardo R. Duarte, Maria F. Caeiro, Maria L. Valdeira (2007). Synthesis of neutral and cationic Tripyridylporphyrin-D-Galactose conjugates and the photoinactivation of HSV-1. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 15: 4705-4713. Doi:10.1016/j.bmc.2007.05.005

- Silva E.M.P., Giuntini F., Faustino M.A.F., Tomé J.P.C., Neves M.G.P.M.S., Tomé A.C., Silva A.M.S., Santana-Marques M.G., Ferrer-Correia A.J., Cavaleiro J.A.S., Caeiro M.F., Duarte R.R., Tavares S.A.P., Pegado I.N., d’Almeida B., De Matos A.P.A., Valdeira M.L. (2005). An easy synthetic access to cationic Beta-vinyl substituted meso-tetraphenylporphyrins and in vitro activity against herpesviruses. Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 15: 3333-3337. Doi:10.1016/j.bmcl.2005.05.044

- Da Fonseca F.G., Weisberg A.S., Caeiro M.F., Moss B. (2004). "Vaccinia virus mutants with alanine substitutions in the conserved G5R gene fail to initiate morphogenesis at the nonpermissive temperature". Journal of Virology,78 (19): 10238-10248. Doi: 10.1128/JVI.78.19.10238-10248.2004


 


 


 


 


 


 

Supervision activities

·         20011 - 2012 - Coordination of the Master Course on Molecular Biology and Genetics. Faculty of Sciences, Lisbon University.


·         2006 - 2009 - Coordination of the Master Course on Human Molecular Biology. Faculty of Sciences, Lisbon University.


 


 


PhD theses (since 2010)


- Azevedo E. (2012). Diversity of marine fungi on the Portuguese west coast. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa. Co-supervisor: M. Barata (CBA e DBV - FCUL).


- Manageiro V.M.M.G. (2011) - Contexto genético e expressão dos genes blaCTX-M codificantes de beta-lactamases de espectro alargado em bactérias de Gram negativo. Lisbon University. Co-supervisor: M. Caniça (INSA).


- Amaro F.I.F. (2010) - Phlebovirus, importância em Saúde Pública em Portugal. Lisbon University. Co-supervisor: M.J. Alves (Centro de Estudos de Vectores e Doenças Infecciosas Dr. Francisco Cambournac (CEVDI). INSA.


- Esteves S.M.M.L. (2010). A infecção pelo vírus Citomegalo - estudos em Portugal. Provas conducentes à categoria de investigador auxiliar da carreira de investigação científica, Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge. Co-supervisor: M.T. Paixão (INSA).


 


PhD Thesis underway


- Daniel Fernando da Fonseca Salvador (2017-). Detection and quantification of enterovirus, hepatitis A and E viruses in drinking water and wastewater. Doutoramento em Saúde Ambiental, FMUL. (Bolsa de Doutoramento Empresarial PDE/BDE/114582/2016).


Master Theses (since 2010)


- Figueiredo J. (2017) Iridovírus da fauna portuguesa: contributo para a caracterização molecular e avaliação da suscetibilidade a antivirais. Master in Microbiologia Aplicada. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa.


- Mendes A.R.M (2015). Activities of an aqueous plant extract against Herpes simplex virus type 2 (HSV 2): role in virus replication and progeny yield. Master in Molecular Biology and Genetics. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa. Co-supervisor: Sílvia Lopo (INSA).


- Barra M. (2014). Avaliação da actividade antivírica de extractos aquosos de plantas da flora aromática portuguesa. Mestrado em Microbiologia Aplicada. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa.


- Santos N.C.K.B (2013). Avaliação da actividade antivírica de extractos aquosos de plantas da flora aromática portuguesa. Mestrado em Biologia Molecular e Genética. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa.


- Dinis A.M. (2012). Caracterização de iridovírus isolados de anfíbios do Parque Natural da Peneda-Gerês. Mestrado em Microbiologia Aplicada. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa.


- Fugas M. (2012). Detection and characterization of viruses in Acanthamoeba spp. from hospital and marine samples. Mestrado em Biologia Molecular e Genética. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa.


- Resende F.P. (2012). Avaliação e caracterização da actividade anti-herpética de extractos aquosos de plantas da flora portuguesa. Mestrado em Microbiologia Aplicada. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa.


- Carvalho A.C.R. (2011). Rastreio virológico em espécies selvagens de roedores pertencentes à fauna portuguesa. Mestrado em Microbiologia Aplicada. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa.


- Vale P.A.S. (2010). Plano de erradicação de Xenopus laevis (Daudin 1802) em Portugal: Avaliação da primeira fase e pesquisa da presença do fungo patogénico Batrachochytrium dendrobatidis (Longcore, Pessier & Nichols 1999. Mestrado em Biologia da Conservação. Faculty of Sciences of Lisbon University. Co-supervisor: Rui Rebelo (CBA-FCUL).


- Andrade A.S.R.S. (2010). Perfil inflamatório na doença coronária. Mestrado em Biologia Humana e Ambiente. Faculty of Sciences of Lisbon University. Co-supervisor: Teresa Pinheiro (ITN).


 


Master Theses (as institutional supervisor, since 2010):


- Gomes B. A. (2017). Targeting the glycation defenses as a protective strategy for Parkinson’s disease. Master in Biologia Molecular e Genética. FCUL. Supervisors: M.F. Caeiro & H.V. Miranda (UNL).


- Gonçalves M.I. (2017). O papel do DNA-PKcs na transcrição mediada pelo promotor LTR do HIV-1. Master in Biologia Molecular e Genética. FCUL Supervisors: M.F. Caeiro & P.M. Brito (iMed.ULisboa).


- Vinagre A.L.C.S. (2017). Characterising the formation and functional role of vesicular clustering during Influenza A Virus infection.  Mestrado em Microbiologia Aplicada. FCUL. Supervisors: M.F. Caeiro & Maria João Amorim (Instituto Gulbenkian de Ciência).


- Moiteiro C.A.S. (2016). Estudo da infeção por PCV2 em soros de suíno, através da comparação de valores de anticorpos específicos e quantificação de DNA viral por qPCR. Master in Microbiologia Aplicada. FCUL. Supervisors: M. F. Caeiro & Ana Duarte (FMV-UL).


- Paixão D.R.S. (2016). Deteção de Vírus em Matrizes Alimentares. Master in Microbiologia Aplicada. FCUL. Supervisors: M. F. Caeiro & F.B. Gaspar (iBET).


- Jorge J.L.Z. (2015). Genotipagem do VIH e análise de resistência à droga dos seropositivos da Guiné-Bissau. Mestrado em Biologia Molecular e Genética, FCUL. Supervisors: M. F. Caeiro & Aladje Baldé (BioFig).


- Begalli B.M (2013). Estudo da ação citotóxica dos adenovírus Adp53 e AdCDKN2A em associação com cisplatina sobre linhagens de carcinoma de pulmão de células não pequenas (NSCLC). Mestrado em Biologia Molecular e Genética. Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa. Supervisors: M. F. Caeiro & E.  Costanzi-Strauss (Universidade de S. Paulo).


- Cerqueira S.I.A.M. (2011). Molecular mechanism of Herpesvirus mediated Myc poly-ubiquitination and activation: relevance for virus persistence. Mestrado em Microbiologia Aplicada. Faculty of Sciences of Lisbon University. Supervisors: M. F. Caeiro & P. Simas (IMM - FMUL).


- Guerreiro M.R. (2011) - Manipulação do efeito de Warburg em células de mamífero em cultura: implicações para o metabolismo energético. Mestrado em Biologia Molecular e Genética. Faculty of Sciences of Lisbon University. Supervisors: M. F. Caeiro & A.S. Coroadinha (ITQB/IBET).


- Perdigão P.R.L. (2011). Identification and characterization of intracellular pathways responsible for HIV-1 latency. Mestrado em Biologia Molecular e Genética. Faculty of Sciences of Lisbon University. Supervisors: M. F. Caeiro & M. Santa-Marta (CPM-URIA - FFUL).


- Mariano C.N.C. (2010). Looking at tricellulin expression in the brain. Mestrado em Biologia Molecular e Genética. Faculty of Sciences of Lisbon University. Supervisors: M. F. Caeiro & M.A.P. Brito (Faculdade de Farmácia, U.L.).


- Sena F.V. (2010). Prevalência e caracterização genética do Vírus da Imunodeficiência Humana em indivíduos atendidos no Hospital de Cumura em Bissau. Mestrado em Microbiologia Aplicada. Faculty of Sciences of Lisbon University. Supervisors: M. F. Caeiro & E. Pádua (Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge).


- Santos A.C.T.G. (2010). Functional aspects of new helper factors for HIV replication. Mestrado em Microbiologia Aplicada, Faculty of Sciences of Lisbon University. Supervisors: M. F. Caeiro & J. Gonçalves (Faculdade de Farmácia, U.L.).


- Freitas M.I.T. (2010). Genotypic and phenotypic characterization of HIV-1 virus found early in infection. Mestrado em Biologia Molecular Humana. Faculty of Sciences of Lisbon University. Supervisors: M. F. Caeiro & M. Sagar (Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School).


 


 


 

Professional Career

- 1978 - 1988 - Assistant. Faculty of Sciences, Lisbon University
- Since 1988 - Assistant Professor. Faculty of Sciences, Lisbon University
- 1988; 1992 - 1994 - Visiting Researcher. Gulbenkian Institute of Science
- 1994 - 2008 - Researcher. Centro de Genética e Biologia Molecular da Universidade de Lisboa
- 2000 - 2002 - Visiting Scientist. Laboratory of Viral Diseases, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland. U.S.A.
- 2009 - Researcher. Centro de Biologia Ambiental da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa
- Since 2010 - Researcher. Centro de Estudos do Ambiente e do Mar da Universidade de Aveiro

Academic Degrees

1972 - Graduation in Biology. Faculty of Sciences, Lisbon University
1988 - PhD in Biology (Genetics). Faculty of Sciences, Lisbon University
CESAM - Centro de Estudos do Ambiente e do Mar - Universidade de Aveiro

CESAM Funding:

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